Bioinformatyka 2006/07 5.2007
PORÓWNYWANIE SEKWENCJI
1. Znajdź sekwencje białka phot_bacsu . Poszukaj homologów tego białka algorytmem Smitha-Watermana (użyj programu MPsrch dostępnego na stronach EBI, zaakceptuj parametry domyślne). Co to za białka?
2. Poszukaj homologów białka phot_bacsu algorytmem BLAST
3. Porównaj wyniki obu programów. Czy listy sekwencji podobnych są takie same? Dlaczego?
4. Wybierz dowolne białko z listy podobnych do phot_bacsu (np. 5 czy 6). Zrób lokalny i globalny alignment białka phot_bacsu i wybranej sekwencji używając odpowiednicj pakietów pakietu EMBOSS (aby znaleźć odpowiedni program użyj „wossname” , przeczytaj opis „tfm” zanim wybierzesz odpowiedni program). Powtórz zadanie kilka razy zmieniając macierze podstawień (np. na EPAM250) oraz kary za przerwy (np. 100:0.1, 10:6, 0.1:0.01, 50:50). „Poeksperymentuj” i porównaj wyniki. Jak wartość kar i typ macierzy wpływa na ostateczne dopasowanie sekwencji?
5. Znajdź sekwencje drożdżowego histonu H1. Posługując się programem dotlet dostępnym na stronach EXPASY sprawdź, czy w białku tym występują zduplikowane domeny (www.expasy.ch à proteomics and sequence analysis tools à alignment àdotlet)
6. Stwórz reprezentacje „dotplot” (taka jak w poprzednim punkcie) posługując się odpowiednim programem z pakietu EMBOSS (wybierz „ps” jako output graficzny i obejrzyj wybranym programem)
7. Znajdź ludzkie sekwencje DNA (baza: est_human) homologiczne do mysiego genu tRNApro – M26849. Zastanów się, który typ programu BLAST użyć. Zestaw programów BLAST dostępny jest na stronach np. ncbi
8. Znajdź ludzką sekwencję DNA homologiczną do białka P53551
biologia