pierwszy_beamer.pdf

Bioinformatyka

I.Przedmiotbioinformatyki.Podstawyobsługi

systemówunix’owych.

dr Marcin Goł¦biewski

Zakład Biotechnologii,

Wydział Biologii i Nauk o Ziemi,

Uniwersytet Mikołaja Kopernika,

Toru«

MarcinGoł¦biewskiPh.D. BioinformatykaWykładI

Czymb¦dziemysi¦zajmowa¢?

Wst¦pne wymagania: znajomo±¢ matematyki na poziomie

szkoły ±redniej, podstawowe wiadomo±ci z biologii

molekularnej.

Cel przedmiotu: nauczenie ±wiadomego posługiwania si¦

narz¦dziami bioinformatycznymi i krytycznej interpretacji

wyników .

MarcinGoł¦biewskiPh.D. BioinformatykaWykładI

Czymb¦dziemysi¦zajmowa¢?

Tre±ci przedmiotu:

Przedmiot bioinformatyki; podstawy obsługi systemów

unixowych

Biologiczne bazy danych, korzystanie z zawartych w nich

informacji

Dopasowanie sekwencji (alignment), programowanie

dynamiczne, macierze wagowe, kary za przerwy; ocena

statystycznej istotno±ci dopasowania

Przeszukiwanie sekwencyjnych baz danych: algorytmy

heurystyczne: BLAST, FASTA; ocena istotno±ci uzyskanych

wyników

Przeszukiwanie sekwencyjnych baz danych: przeszukiwanie

proﬁlami: PSI-BLAST, HMMER; ocena istotno±ci uzyskanych

wyników

MarcinGoł¦biewskiPh.D. BioinformatykaWykładI

Czymb¦dziemysi¦zajmowa¢?

Tre±ci przedmiotu cd.:

Analiza ﬁlogenetyczna: metody odległo±ciowe,

oszcz¦dno±ciowe i maksymalnego prawdopodobie«stwa

Analiza ﬁlogenetyczna: przygotowanie danych wej±ciowych,

dobór metody, ocena wyników

Przewidywanie struktur białek: przewidywanie struktury

II-rz¦dowej, III-rz¦dowej, modyﬁkacji posttranslacyjnych,

wykrywanie funkcjonalnych motywów, identyﬁkacja

zakonserwowanych domen

Sekwencjonowanie i składanie sekwencji: metody

sekwencjonowania, obróbka odczytów,

Sekwencjonowanie i składanie sekwencji: składanie, ko«cowa

obróbka sekwencji (ﬁnishing)

Analiza sekwencji genomowych: przewidywanie genów i

sekwencji regulacyjnych

MarcinGoł¦biewskiPh.D. BioinformatykaWykładI

Czymb¦dziemysi¦zajmowa¢?

Tre±ci przedmiotu cd.:

Analiza sekwencji genomowych: anotacja (opis) sekwencji,

zgłaszanie sekwencji do baz danych

Transkryptomika: “DNA chips”, identyﬁkacja genów

eksprymowanych ró»nicowo, identyﬁkacja genów o zbli»onym

wzorze ekspresji

Proteomika: porównywanie proﬁli ekspresji, identyﬁkacja

białek na podstawie peptydów fragmentacyjnych

Automatyzacja analiz bioinformatycznych: j¦zyki skryptowe,

skrypty powłoki, Perl

Materiały dla studentów: A. D. Baxevanis i B. F. F. Ouellette

(red.) “Bioinformatyka. Podr¦cznik do analizy genów i białek”.

Forma zaliczenia: egzamin

MarcinGoł¦biewskiPh.D. BioinformatykaWykładI

Plik z chomika:

Inne pliki z tego folderu:

Inne foldery tego chomika: