Znane są dwie odmiany estragonu: niemiecka, nazywana też francuską, o silniejszym zapachu i bardziej delikatnym pokroju rośliny oraz rosyjska, bardzo bujna, o zapachu słabszym.
Bardzo szeroko używa się go w kuchni rosyjskiej, litewskiej, gruzińskiej i francuskiej. Szczególnie we Francji jest bardzo ceniony jako dodatek do wykwintnych luksusowych potraw, i u nas dawna dobra kuchnia posługiwała się octem i musztardą estragonową.
Obecnie używa się świeżych listków, które mogą byó zrywane przez cały rok, a następnie drobno posiekane i dodane do zielonych sałat oraz surówek z pomidorów i ogórków.
Jest to również doskonały dodatek do twarogu oraz pierożków z białego sera pod warunkiem, że nie podaje się ich na słodko. Bardzo smaczne są jaja na twardo posypane posiekanym estragonem.
Podstawowym jednak warunkiem stosowania przyprawy jest używanie jej na surowo lub do potraw, które gotuje się lub smaży bardzo krótko; w innym przypadku estragon traci cały swój delikatny aromat.
Dlatego też rzadziej używa się go po ususzeniu. Występuje w tej postaci jako składnik niektórych kompozycji ziołowych, np. przyprawy do pikantnych sosów.
Najczęściej aromatyzuje się estragonem ocet lub zalewy przy kwaszeniu ogórków. W bardzo prosty sposób można przyrządzić aromatyczną przyprawę do sałatek; wystarczy włożyć gałązkę świeżego estragonu do butelki octu i zamknąć szczelnie, a po kilku dobach będzie gotowa do użytku.
Estragon działa lekko pobudzająco na wydzielanie soków żołądkowych i przyspiesza trawienie.
zadok